La ligne de chemin de fer reliant le Luxembourg à la Belgique a été inaugurée en 1866. La ligne de chemin de fer Luxembourg-Troisvierges-Liège passe juste à côté du couvent de Cinqfontaines, de sorte que les trains de déportation des nazis peuvent s’arrêter non loin de la « Maison de retraite juive ». Le 5 avril 1943, des fourgons de la Deutsche Reichsbahn s’y trouvent pour évacuer les derniers pensionnaires de Cinqfontaines. Ils font partie du dernier grand convoi de déportation qui quitte le Luxembourg le 6 avril 1943 en direction de Theresienstadt. Lors de ce transport, une centaine de Juifs sont déportés, dont 88 de Cinqfontaines. Dans ses mémoires, Hugo Heumann, le directeur de la « Maison de retraite juive », décrit ce transport :
« Nous avons construit des toilettes dans chaque wagon avec des cageots en planches et des chaises de nuit, nous en avons mis 4 à 5 dans chaque wagon, nous avons recouvert le sol de paille et nous avons essayé de cette manière de créer toutes les facilités possibles pour le voyage. Le 6 avril à 10 heures, sous les yeux de la Stapo, commença le chargement des grabataires, des handicapés et autres infirmes, ce qui permit aux autorités de se faire une idée, pour la première fois, de la situation réelle chez nous, de l’ampleur de la maladie et de la misère. Il était également triste de voir comment chacun traînait le peu de bagages qu’il pouvait emporter comme dernier bien, ce qui, malgré la brièveté du trajet, était souvent au-dessus de ses forces. »
(Hugo Heumann: Erlebtes-Erlittenes. Von Mönchengladbach über Luxemburg nach Theresienstadt. Tagebuch eines deutsch-jüdischen Emigranten, édité par Germaine Goetzinger/Marc Schoentgen, Mersch 2007, p. 64.)